Evaluation of the polygenic genetic risk for metabolic syndrome in the Comarca Lagunera
Denisse Prone-Olazabala, Andrea Félix-Cenicerosa, J. Rafael Argüello-Astorgaa,b, Margarita Martínez-Morenoc, Rubén D. Arellano-Pérez Verttia, Dealmy Delgadillo-Guzmána, Faviel F. González-Galarzaa,*
aFacultad de Medicina Unidad Torreón, Universidad Autónoma de Coahuila
bInstituto de Ciencia y Medicina Genómica, Torreón, Coahuila
cHospital General ISSSTE “Dr. Francisco Galindo Chávez”
* Autor de correspondencia: Faviel F. González-Galarza
faviel.gonzalez@uadec.edu.mx
CC #69 enero-marzo 2022
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RESUMEN
El síndrome metabólico (SM) es una condición patológica compleja que incluye la participación de diversos polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en varios genes, y múltiples factores ambientales. El cálculo de puntajes de riesgo poligénico (PRS) es una estrategia documentada que podría mejorar la predicción de la enfermedad y trasladar su aplicación en población mexicana. El objetivo de este estudio fue evaluar un modelo de PRS para síndrome metabólico en población mexicana. Se analizaron 292 individuos mexicanos mestizos de la Comarca Lagunera. La genotipificación se realizó mediante el microarreglo Precision Medicine Research Array (PMRA) y secuenciación de nueva generación mediante DNBseq Low-Pass (LP). Para la estratificación por componente ancestral se utilizó inferencia de ancestría local incluyendo 5 grupos étnicos de referencia (nativo americano: amr; europeo: eur; africano: afr; asiático del este: eas y asiático del sur: sas). No se observó correlación entre el PRS y el componente étnico-ancestral (amr p=0.7836; eur p=0.7957; afr p=0.6243; eas p=0.3021 y sas p=0.516). Adicionalmente, los individuos se estratificaron en base a su componente amerindio, sin embargo, no se encontraron diferencias entre estas categorías (p=0.303). Interesantemente, al analizar los individuos con mayor PRS (percentil 90), el componente ancestral amerindio fue mayor que el europeo (51.8%±7.1% vs 37.5%±8.3%, p=0.01).
Palabras clave: Síndrome metabólico, riesgo poligénico, SNPs.
Abstract
Metabolic syndrome (MS) is a complex pathological condition that includes the participation of various single nucleotide polymorphisms (SNPs) in various genes, and multiple environmental factors. The estimation of the polygenic risk (PRS) is a documented strategy that could improve the prediction of the disease and transfer its application in the Mexican population. The objective of this study was to evaluate a PRS model for metabolic syndrome in a Mexican population. Two-hundred and ninety-two Mexican mestizo individuals from the Comarca Lagunera were analyzed. Genotyping was performed using the Precision Medicine Research Array (PMRA) microarray and next-generation sequencing using DNBseq Low-Pass (LP). For the stratification by ancestral component, local ancestry inference was used including 5 reference ethnic groups (Native American: amr; European: eur; African: afr; East Asian: eas and South Asian: sas). No correlation was observed between the PRS and the ethnic-ancestral component (amr p=0.7836; eur p=0.7957; afr p=0.6243; eas p=0.3021 and sas p=0.516). Additionally, the individuals were stratified based on their Amerindian component, however, no differences were found between these categories (p=0.303). Interestingly, when analyzing the individuals with the highest PRS (90th percentile), the Amerindian ancestral component was greater than the European one (51.8% ± 7.1% vs 37.5% ± 8.3%, p=0.01).
Keywords: Metabolic syndrome, polygenic risk, SNPs.
